Thủ tục hải quan xuất quá cảnh hàng lẻ

Nội dung trả lời:

Trả lời câu hỏi của Công ty, Bộ phận tư vấn của Ban biên tập có ý kiến trao đổi như sau:
Thủ tục và hồ sơ hải quan đối với việc xuất hàng quá cảnh của Công ty nêu trên được thực hiện theo quy định tại Điều 43 Nghị định số 08/2015/NĐ-CP ngày 21/01/2015 sửa đổi, bổ sung tại Khoản 19 Điều 1 Nghị định số 59/2018/NĐ-CP ngày 20/04/2018 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 08/2015/NĐ-CP ngày 21 tháng 01 năm 2015 của Chính phủ quy định chi tiết và biện pháp thi hành Luật hải quan về thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát, kiểm soát hải quan; Điều 51 Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/03/2015 của Bộ Tài chính, sửa đổi, bổ sung tại Khoản 29 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC ngày 20/4/2018 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung một số điều tại Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25 tháng 3 năm 2015 của Bộ Tài chính quy định về thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan; Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, cụ thể như sau:.
1. Khoản 19 Điều 1 Nghị định số 59/2018/NĐ-CP ngày 20/04/2018 quy định cụ thể như sau:
“Điều 1. Sửa đổi, bổ sung một số Điều của Nghị định số 08/2015/NĐ-CP ngày 21 tháng 01 năm 2015 của Chính phủ quy định chi tiết và biện pháp thi hành Luật hải quan về thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát, kiểm soát hải quan
19. Điều 43 được sửa đổi, bổ sung như sau:
Điều 43. Thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan đối với hàng hóa quá cảnh
1. Thủ tục hải quan đối với hàng hóa quá cảnh phải được thực hiện tại trụ sở hải quan cửa khẩu nhập đầu tiên và cửa khẩu xuất cuối cùng, trừ trường hợp hàng hóa quá cảnh đóng chung container, toa xe chở hàng với hàng nhập khẩu, xuất khẩu, đóng chung với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu gửi qua dịch vụ bưu chính, dịch vụ chuyển phát nhanh quy định tại Khoản 9 Điều này.
Hàng hóa quá cảnh theo các Hiệp định đa phương về quá cảnh hàng hóa được Việt Nam ký kết tham gia, thực hiện theo quy định riêng của Chính phủ.
2. Hồ sơ hải quan:
a) Tờ khai vận chuyển hoặc chứng từ thay thế tờ khai vận chuyển theo mẫu do Bộ Tài chính ban hành;
b) Bản kê chi tiết hàng hóa quá cảnh theo mẫu do Bộ Tài chính ban hành;
c) Chứng từ vận tải trong trường hợp hàng hóa quá cảnh vận chuyển bằng đường biển, đường hàng không, đường sắt, hàng hóa quá cảnh vận chuyển bằng đường bộ đóng chung với hàng nhập khẩu: 01 bản chụp;
d) Giấy phép quá cảnh theo quy định của pháp luật; giấy thông báo kết quả kiểm tra chuyên ngành theo quy định của pháp luật có liên quan: 01 bản chính.
3. Trách nhiệm của người khai hải quan:
a) Thực hiện theo quy định tại Khoản 4 Điều 25 Nghị định này;
b) Vận chuyển hàng hóa theo đúng tuyến đường, cửa khẩu, thời hạn quy định tại Khoản 1, Khoản 2 Điều 65 Luật hải quan;
c) Đảm bảo nguyên trạng hàng hóa, đảm bảo niêm phong hải quan, đảm bảo nguyên niêm phong của hãng vận chuyển;
d) Trong trường hợp hàng hóa quá cảnh có thực hiện chuyển tải, lưu kho, chia tách, thay đổi phương thức vận chuyển, phương tiện vận tải, đóng chung container, người khai hải quan gửi Chi cục hải quan nơi quản lý địa điểm thực hiện chuyển tải, lưu kho, chia tách, thay đổi phương thức vận chuyển, phương tiện vận tải, đóng chung container 01 bản chính văn bản đề nghị theo Mẫu tại Phụ lục ban hành kèm theo Nghị định này. Trường hợp được chấp nhận, thực hiện khai hải quan trên từng tờ khai vận chuyển hoặc chứng từ vận chuyển theo từng chặng vận chuyển, từng loại hình tương ứng;
đ) Xuất trình hàng hóa để kiểm tra thực tế hàng hóa theo yêu cầu của cơ quan hải quan.
4. Trách nhiệm của Chi cục Hải quan cửa khẩu nhập:
a) Tiếp nhận và xử lý hồ sơ hải quan quy định tại Khoản 2 Điều này;
b) Thực hiện niêm phong hải quan đối với phương tiện chứa hàng quá cảnh trong trường hợp hàng hóa quá cảnh vận chuyển bằng đường bộ;
c) Đối với hàng hóa vận chuyển bằng đường biển, đường thủy nội địa, đường hàng không, đường sắt thực hiện niêm phong hải quan trong trường hợp không còn nguyên niêm phong của hãng vận chuyển.
Trường hợp hàng hóa vận chuyển bằng đường thủy nội địa vào Việt Nam không thể kiểm tra tình trạng niêm phong của hãng vận chuyển và không thực hiện được việc niêm phong hải quan, giao người khai hải quan chịu trách nhiệm bảo quản nguyên trạng hàng hóa.
d) Đối với hàng hóa quá cảnh vận chuyển bằng đường bộ, đường thủy nội địa ngoài việc thực hiện quy định tại điểm b, điểm c Khoản này, thực hiện giám sát hàng hóa quá cảnh bằng phương tiện kỹ thuật quy định tại điểm a Khoản 7 Điều này;
đ) Bố trí công chức hải quan giám sát trực tiếp hàng hóa quá cảnh tại điểm c Khoản 7 Điều này;
g) Kiểm tra thực tế hàng hóa trong trường hợp có dấu hiệu vi phạm.
5. Trách nhiệm của Chi cục hải quan nơi quản lý địa điểm hàng quá cảnh thực hiện chuyển tải, lưu kho, chia tách, thay đổi phương thức vận chuyển, phương tiện vận tải, đóng chung container
a) Tiếp nhận văn bản đề nghị theo quy định tại điểm d Khoản 3 Điều này và kiểm tra các điều kiện quy định tại Khoản 9 Điều này. Trường hợp không đủ điều kiện quy định, có văn bản thông báo việc không chấp nhận, nêu rõ lý do;
Trường hợp đủ điều kiện quy định, phê duyệt văn bản đề nghị; trả lại 01 bản chính cho người khai hải quan, lưu 01 bản sao;
b) Kiểm tra tình trạng niêm phong hải quan, niêm phong hãng vận chuyển;
c) Giám sát hoạt động chuyển tải, lưu kho, chia tách, thay đổi phương thức vận chuyển, phương tiện vận tải, đóng chung container và thực hiện niêm phong hải quan;
d) Thực hiện thủ tục hải quan đối với hàng hóa vận chuyển theo từng loại hình tương ứng.
6. Trách nhiệm của Chi cục Hải quan cửa khẩu xuất:
a) Kiểm tra các thông tin về tờ khai vận chuyển hoặc chứng từ thay thế tờ khai trên hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan;
b) Kiểm tra tình trạng niêm phong hoặc nguyên trạng hàng hóa.
Trường hợp hàng hóa quá cảnh vận chuyển bằng đường thủy nội địa ra nước ngoài, Chi cục Hải quan cửa khẩu xuất căn cứ thông tin về lộ trình, thời gian vận chuyển, các cảnh báo (nếu có) để quyết định việc kiểm tra niêm phong hải quan hoặc niêm phong của hãng vận chuyển;
c) Kiểm tra thực tế hàng hóa trong trường hợp có dấu hiệu vi phạm.
7. Giám sát hải quan
a) Hàng hóa quá cảnh phải được niêm phong hải quan hoặc niêm phong của hãng vận chuyển. Trường hợp hàng hóa không thể niêm phong được thì giao người khai hải quan chịu trách nhiệm bảo quản nguyên trạng hàng hóa.
Đối với hàng hóa quá cảnh vận chuyển bằng đường thủy nội địa, đường bộ, ngoài niêm phong hải quan hoặc niêm phong của hãng vận chuyển, hoặc hàng hóa quá cảnh không thể niêm phong, cơ quan hải quan sử dụng các phương tiện kỹ thuật khác để giám sát hàng hóa trong quá trình vận chuyển trên cơ sở kết quả phân tích, đánh giá rủi ro;
b) Hàng hóa quá cảnh thuộc Danh mục hàng hóa cấm kinh doanh, cấm xuất khẩu, tạm ngừng xuất khẩu, hàng hóa cấm nhập khẩu, tạm ngừng nhập khẩu; hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo giấy phép, hàng hóa có thuế tiêu thụ đặc biệt phải được giám sát bằng phương tiện kỹ thuật;
c) Hàng hóa quá cảnh là vũ khí, đạn dược, vật liệu nổ và hàng hóa có độ nguy hiểm cao phải được giám sát bằng phương tiện kỹ thuật hoặc được giám sát trực tiếp bằng công chức hải quan.
8. Trong trường hợp bất khả kháng mà không bảo đảm được nguyên trạng hàng hóa, niêm phong hải quan, niêm phong của hãng vận chuyển hoặc không vận chuyển hàng hóa theo đúng tuyến đường, thời gian thì người khai hải quan, sau khi áp dụng các biện pháp cần thiết để hạn chế và ngăn ngừa tổn thất xảy ra phải thông báo ngay với cơ quan hải quan để xử lý; trường hợp không thể thông báo ngay với cơ quan hải quan thì tùy theo địa bàn thích hợp thông báo với cơ quan công an, bộ đội biên phòng, cảnh sát biển để xác nhận và xử lý theo quy định của pháp luật.
9. Việc chuyển tải, lưu kho, thay đổi phương thức vận chuyển, phương tiện vận tải; chia tách, đóng chung container, toa xe chở hàng giữa hàng quá cảnh với hàng hóa dự kiến nhập khẩu hoặc với hàng xuất khẩu đã làm xong thủ tục hải quan, hàng quá cảnh khác để xuất khẩu hoặc hàng quá cảnh đóng chung với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu gửi qua dịch vụ bưu chính, dịch vụ chuyển phát nhanh được thực hiện tại khu vực cửa khẩu nhập, cửa khẩu xuất, kho ngoại quan, địa điểm thu gom hàng lẻ (kho CFS), địa điểm làm thủ tục hải quan tại cảng xuất khẩu, nhập khẩu được thành lập trong nội địa (cảng cạn), địa điểm tập kết kiểm tra giám sát tập trung đối với hàng bưu chính, địa điểm tập kết, kiểm tra, giám sát tập trung đối với hàng chuyển phát nhanh.
Vị trí kho ngoại quan, kho CFS, cảng cạn, địa điểm tập kết kiểm tra giám sát tập trung đối với hàng bưu chính, địa điểm tập kết, kiểm tra, giám sát tập trung đối với hàng chuyển phát nhanh quy định tại khoản này phù hợp với tuyến đường quá cảnh theo quy định của Bộ Giao thông vận tải.
 10. Hàng hóa quá cảnh đóng chung container, toa xe chở hàng với hàng xuất khẩu đã làm xong thủ tục hải quan, hàng hóa dự kiến nhập khẩu, hàng hóa quá cảnh đóng chung hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu gửi qua dịch vụ bưu chính, dịch vụ chuyển phát nhanh phải đáp ứng các điều kiện sau:
a) Hàng hóa phải được đóng gói riêng biệt (kiện, thùng, bao bì...) để phân biệt hàng hóa quá cảnh đóng chung với hàng nhập khẩu, xuất khẩu;
b) Hàng hóa quá cảnh không thuộc trường hợp phải có giấy phép quá cảnh theo quy định của pháp luật hoặc không thuộc mặt hàng là rượu, bia, thuốc lá;
c) Hàng hóa dự kiến nhập khẩu khi đóng chung container, toa xe chở hàng với hàng quá cảnh khi chia tách tại các địa điểm (trừ cửa khẩu nhập) quy định tại Khoản 9 Điều này không thuộc danh mục hàng hóa nhập khẩu phải làm thủ tục hải quan tại cửa khẩu nhập theo quy định của Thủ tướng Chính phủ;
d) Hàng xuất khẩu khi đóng chung container, toa xe chở hàng với hàng hóa quá cảnh, hàng hóa xuất khẩu gửi qua dịch vụ bưu chính, dịch vụ chuyển phát nhanh đóng chung với hàng hóa quá cảnh phải có cùng cửa khẩu xuất với hàng quá cảnh; cửa khẩu xuất phải là cửa khẩu quốc tế theo quy định hiện hành.
e) Container, toa xe chở hàng, phương tiện chứa hàng gửi qua dịch vụ bưu chính, dịch vụ chuyển phát nhanh phải đảm bảo đáp ứng yêu cầu niêm phong hải quan.
Bộ Tài chính quy định cụ thể Điều này.”
2. Khoản 29 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC ngày 20/4/2018 quy định cụ thể như sau:
“Điều 1. Sửa đổi, bổ sung một số điều tại Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25 tháng 3 năm 2015 của Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu:
29. Điều 51 được sửa đổi, bổ sung như sau:
“Điều 51. Thủ tục hải quan đối với hàng hóa quá cảnh
1. Thủ tục hải quan đối với hàng hóa quá cảnh đi qua lãnh thổ Việt Nam
a) Thủ tục hải quan đối với hàng hóa quá cảnh đi qua lãnh thổ Việt Nam thực hiện theo thủ tục vận chuyển độc lập tại Chi cục Hải quan nơi hàng hóa được vận chuyển đi;
b) Hồ sơ hải quan:
b.1) Tờ khai vận chuyển độc lập theo các chỉ tiêu thông tin quy định tại mẫu số 07 Phụ lục II ban hành kèm Thông tư này;
b.2) Bản kê chi tiết hàng hóa quá cảnh theo các chỉ tiêu thông tin quy định tại mẫu số 09 Phụ lục II ban hành kèm Thông tư này;
b.3) Vận đơn hoặc các chứng từ vận tải khác có giá trị tương đương theo quy định của pháp luật (trừ đường bộ): 01 bản chụp;
Trường hợp toàn bộ hàng hóa đã được khai trên Bản lược khai hàng hóa điện tử, nếu người khai hải quan khai mã hồ sơ do cơ quan hải quan thông báo trên Hệ thống e-Manifest tại tiêu chí “Ghi chú 1” thì không phải nộp bản chụp vận đơn trong bộ hồ sơ hải quan;
b.4) Giấy phép quá cảnh đối với trường hợp hàng quá cảnh phải có giấy phép: 01 bản chính nếu quá cảnh 01 lần hoặc 01 bản chụp kèm theo Phiếu theo dõi trừ lùi nếu quá cảnh nhiều lần.
Việc cấp, trừ lùi trên Phiếu theo dõi trừ lùi thực hiện tại Chi cục Hải quan nơi hàng hóa vận chuyển đi theo quy định tại Điều 28 Thông tư này;
b.5) Giấy thông báo miễn kiểm dịch hoặc Thông báo kết quả kiểm dịch của cơ quan kiểm dịch đạt yêu cầu theo quy định của pháp luật về kiểm dịch hoặc chứng từ kiểm dịch do cơ quan kiểm dịch nước ngoài phát hành và được pháp luật về kiểm dịch công nhận đối với trường hợp hàng quá cảnh phải kiểm dịch: 01 bản chính. Trường hợp pháp luật chuyên ngành không quy định cụ thể bản chính hay bản chụp thì người khai hải quan được nộp bản chụp.
Đối với chứng từ quy định tại điểm b.4 và điểm b.5 khoản này, nếu áp dụng cơ chế một cửa quốc gia, cơ quan quản lý nhà nước chuyên ngành, cơ quan kiểm tra chuyên ngành gửi giấy phép, văn bản thông báo kết quả kiểm dịch, miễn kiểm dịch dưới dạng điện tử thông qua Cổng thông tin một cửa quốc gia, người khai hải quan không phải nộp khi làm thủ tục hải quan.
c) Trách nhiệm của người khai hải quan:
c.1) Khai thông tin Tờ khai vận chuyển độc lập theo các chỉ tiêu thông tin quy định tại mẫu số 07 Phụ lục II, các Bản kê theo các chỉ tiêu thông tin quy định tại mẫu số 09, mẫu số 10, mẫu số 11 Phụ lục II ban hành kèm Thông tư này và gửi kèm các chứng từ trong hồ sơ hải quan khác quy định tại điểm b khoản 1 Điều này khi đăng ký Tờ khai vận chuyển độc lập thông qua Hệ thống. Trường hợp Hệ thống gặp sự cố không thực hiện được việc khai vận chuyển hàng hóa qua Hệ thống thì thực hiện theo hướng dẫn tại điểm a khoản 10 Điều 50 Thông tư này.
Trường hợp lô hàng phải kiểm tra hồ sơ hải quan (luồng 2) và các chứng từ tại điểm b.4, điểm b.5 chưa thực hiện trên Cổng thông tin một cửa quốc gia, người khai hải quan nộp các chứng từ này cho cơ quan hải quan nơi hàng hóa vận chuyển đi để kiểm tra;
c.2) Sau khi Tờ khai vận chuyển độc lập đã được phê duyệt, cung cấp thông tin số Tờ khai vận chuyển độc lập (Thông báo phê duyệt khai báo vận chuyển) cho cơ quan hải quan nơi hàng hóa vận chuyển đi và cơ quan hải quan nơi hàng hóa vận chuyển đến để thực hiện niêm phong, kiểm tra niêm phong, kiểm tra thực tế hàng hóa, giám sát hàng hóa tại nơi vận chuyển đi và vận chuyển đến;
c.3) Xuất trình hàng hóa để cơ quan hải quan thực hiện niêm phong (nếu có), kiểm tra thực tế trong trường hợp lô hàng có dấu hiệu vi phạm pháp luật theo yêu cầu của cơ quan hải quan;
c.4) Khai bổ sung Tờ khai vận chuyển độc lập theo quy định tại khoản 7 Điều 50 Thông tư này (nếu có);
c.5) Trường hợp lô hàng được vận chuyển nhiều chuyến thì người khai hải quan lựa chọn khai báo Tờ khai vận chuyển độc lập một lần cho cả lô hàng hoặc khai báo Tờ khai vận chuyển độc lập cho từng lần vận chuyển nhưng phải đảm bảo thời gian vận chuyển đã đăng ký theo hướng dẫn tại mẫu số 07 Phụ lục II ban hành kèm Thông tư này. Trường hợp thời gian vận chuyển vượt quá thời gian đã đăng ký với cơ quan hải quan mà lô hàng chưa được vận chuyển hết thì người khai hải quan thực hiện khai bổ sung thông tin số lượng hàng hóa đã thực vận chuyển và thực hiện khai báo trên Tờ khai vận chuyển độc lập mới đối với số lượng hàng hóa còn lại chưa thực hiện vận chuyển đi;
c.6) Sử dụng phương tiện vận tải gắn thiết bị theo dõi hành trình và kết nối với Chi cục Hải quan nơi hàng hóa vận chuyển đi, Chi cục Hải quan nơi hàng hóa vận chuyển đến trong trường hợp hàng hóa quá cảnh được chứa trong container xếp chồng khít, nhiều tầng, nhiều lớp trên phương tiện để vận chuyển từ nước ngoài vào Việt Nam và ngược lại bằng đường thủy nội địa.
d) Trách nhiệm của Chi cục Hải quan nơi hàng hóa được vận chuyển đi:
d.1) Trường hợp lô hàng phải kiểm tra hồ sơ hải quan (luồng 2), cơ quan hải quan kiểm tra thông tin trên Tờ khai vận chuyển độc lập và các chứng từ thuộc hồ sơ hải quan; hướng dẫn người khai hải quan khai bổ sung các thông tin khác trên Tờ khai vận chuyển độc lập hoặc các Bản kê (nếu có).
Trường hợp phát hiện hàng hóa có dấu hiệu vi phạm pháp luật thì thực hiện kiểm tra thực tế hàng hóa theo quy định tại Điều 29 Thông tư này. Kết quả kiểm tra thực tế được ghi trên Phiếu ghi kết quả kiểm tra theo mẫu 06/PGKQKT/GSQL Phụ lục V ban hành kèm Thông tư này và cập nhật vào Hệ thống.
Trường hợp kết quả kiểm tra phát hiện hành vi khai sai các chỉ tiêu thông tin trên tờ khai vận chuyển độc lập và các Bản kê thuộc hồ sơ hải quan thì thực hiện xử phạt vi phạm hành chính theo quy định và hướng dẫn người khai hải quan khai bổ sung theo quy định tại khoản 7 Điều 50 Thông tư này;
d.2) Cơ quan hải quan phê duyệt Tờ khai vận chuyển độc lập trên Hệ thống trong vòng 02 giờ làm việc kể từ khi tiếp nhận hồ sơ hải quan hợp lệ do người khai hải quan khai, nộp;
d.3) Đối chiếu số lượng, số hiệu container (đối với hàng hóa đóng trong container), số lượng gói, kiện (đối với hàng hóa là hàng rời) giữa thực tế hàng hóa do người khai hải quan xuất trình với thông tin khai trên tờ khai vận chuyển độc lập; thực hiện niêm phong hàng hóa đối với các trường hợp phải niêm phong hải quan theo khoản 3, khoản 5 Điều 50 Thông tư này và cập nhật số niêm phong hải quan trên Hệ thống.
Trường hợp hàng hóa quá cảnh được chứa trong container xếp chồng khít, nhiều tầng, nhiều lớp trên phương tiện vận chuyển và vận chuyển bằng đường thủy nội địa từ nước ngoài vào Việt Nam, không thể thực hiện được việc kiểm tra niêm phong của hãng vận chuyển hoặc không thể thực hiện được việc niêm phong hải quan, Chi cục Hải quan cửa khẩu nhập có trách nhiệm thông tin về tình trạng của lô hàng để Chi cục Hải quan nơi hàng hóa vận chuyển đến thực hiện kiểm tra niêm phong của hãng vận chuyển, kiểm tra đối chiếu thực tế hàng hóa do người khai hải quan xuất trình với thông tin khai trên tờ khai vận chuyển độc lập. Chi cục Hải quan vận chuyển đi có trách nhiệm theo dõi hàng hóa vận chuyển đi để phối hợp với Chi cục Hải quan cửa khẩu nơi hàng hóa vận chuyển đến hoặc các cơ quan liên quan trong trường hợp hàng hóa không vận chuyển đúng tuyến đường, đúng thời gian đã đăng ký hoặc xảy ra các sự cố trong quá trình vận chuyển.
Trường hợp hàng hóa không thể niêm phong (hàng rời, hàng hóa siêu trường, siêu trọng, hàng cồng kềnh), cơ quan hải quan phải lập Biên bản chứng nhận theo mẫu số 35/BBCN/GSQL Phụ lục V ban hành kèm Thông tư này, chụp ảnh nguyên trạng và ghi nhận thông tin chi tiết vào Hệ thống gồm: tên hàng, số lượng, chủng loại, ký mã hiệu, xuất xứ (nếu có);
d.4) Cơ quan hải quan cập nhật thông tin hàng hóa vận chuyển đi vào Hệ thống và theo dõi thông tin lô hàng vận chuyển chịu sự giám sát hải quan.
Trong trường hợp quá thời hạn vận chuyển nhưng chưa nhận được phản hồi của Chi cục Hải quan nơi hàng hóa được vận chuyển đến, Chi cục Hải quan nơi hàng hóa được vận chuyển đi chủ trì, phối hợp với Chi cục Hải quan nơi hàng hóa vận chuyển đến, Đội Kiểm soát hải quan thuộc Cục Điều tra chống buôn lậu tổ chức xác minh và xử lý;
d.5) Trường hợp Hệ thống gặp sự cố không thực hiện được việc khai vận chuyển hàng hóa qua Hệ thống thì thực hiện theo hướng dẫn tại điểm b khoản 10 Điều 50 Thông tư này.
đ) Trách nhiệm của Chi cục Hải quan nơi hàng hóa được vận chuyển đến:
đ.1) Tiếp nhận hàng hóa kèm thông tin số Tờ khai vận chuyển độc lập đã được phê duyệt do người khai hải quan xuất trình và kiểm tra các thông tin về Tờ khai vận chuyển độc lập trên Hệ thống;
đ.2) Kiểm tra tình trạng niêm phong hoặc nguyên trạng hàng hóa, đối chiếu số niêm phong thực tế với số niêm phong hải quan (nếu có) hoặc số hiệu niêm phong hãng vận chuyển (nếu có) trên Tờ khai vận chuyển độc lập, Bản kê danh sách container/gói/kiện hoặc đối chiếu nguyên trạng hàng hóa với các thông tin về hàng hóa đã được cập nhật trên Hệ thống trong trường hợp không thể niêm phong.
Trường hợp hàng hóa quá cảnh được chứa trong container xếp chồng khít, nhiều tầng, nhiều lớp trên phương tiện vận chuyển, được vận chuyển ra nước ngoài bằng đường thủy nội địa, căn cứ thông tin về lộ trình, thời gian vận chuyển, các cảnh báo trên hệ thống giám sát, thông tin của Chi cục Hải quan vận chuyển đi về tình trạng lô hàng, thông tin trên thiết bị theo dõi hành trình, Chi cục trưởng Chi cục Hải quan quyết định việc kiểm tra niêm phong hải quan hoặc niêm phong của hãng vận chuyển, kiểm tra tình trạng nguyên trạng của hàng hóa;
đ.3) Trường hợp có dấu hiệu vi phạm pháp luật (bao gồm cả trường hợp có dấu hiệu vi phạm khi kiểm tra theo quy định tại điểm đ.2 khoản này) thì Chi cục trưởng Chi cục Hải quan quyết định việc kiểm tra thực tế hàng hóa theo quy định và xử lý vi phạm theo quy định của pháp luật (nếu có). Kết quả kiểm tra thực tế được ghi trên Phiếu ghi kết quả kiểm tra theo mẫu 06/PGKQKT/GSQL Phụ lục V ban hành kèm Thông tư này;
đ.4) Cập nhật thông tin hàng hóa vận chuyển đến đích vào Hệ thống ngay sau khi hàng hóa được vận chuyển đến.
Trường hợp hàng hóa quá cảnh xuất qua cửa khẩu đường bộ, đường thủy nội địa, đường sắt liên vận quốc tế, cập nhật thông tin hàng hóa vận chuyển đến đích vào Hệ thống; giám sát hàng hóa từ khi vào khu vực giám sát hải quan tại cửa khẩu xuất cho đến khi hàng hóa xuất khẩu qua biên giới và thực hiện cập nhật thông tin hàng hóa đã thực xuất trên Hệ thống;
đ.5) Trường hợp Hệ thống gặp sự cố không thực hiện được việc khai vận chuyển hàng hóa qua Hệ thống thì thực hiện theo hướng dẫn tại điểm b khoản 10 Điều 50 Thông tư này.
2. Thủ tục hải quan đối với hàng hóa quá cảnh qua đường hàng không quốc tế được đưa vào Việt Nam và đưa ra nước ngoài tại cùng một cảng hàng không quốc tế có dỡ xuống kho, bãi, cảng
a) Hồ sơ hải quan:
a.1) Bản kê hàng hóa quá cảnh theo chỉ tiêu thông tin quy định theo mẫu số 08 Phụ lục II ban hành kèm Thông tư này;
a.2) Vận đơn hoặc các chứng từ vận tải khác có giá trị tương đương: 01 bản chụp.
Trường hợp toàn bộ hàng hóa đã được khai trên Bản lược khai hàng hóa điện tử, nếu người khai hải quan khai mã hồ sơ do cơ quan hải quan thông báo trên Hệ thống e-Manifest tại tiêu chí “Ghi chú 1” thì không phải nộp bản chụp vận đơn trong bộ hồ sơ hải quan;
a.3) Giấy phép quá cảnh đối với trường hợp hàng hóa phải có giấy phép theo quy định hiện hành: 01 bản chính nếu quá cảnh 01 lần hoặc 01 bản chụp kèm theo Phiếu theo dõi trừ lùi nếu quá cảnh nhiều lần.
Việc cấp, trừ lùi trên Phiếu theo dõi trừ lùi thực hiện tại Chi cục Hải quan nơi hàng hóa vận chuyển đi theo quy định tại Điều 28 Thông tư này;
a.4) Giấy thông báo miễn kiểm dịch hoặc thông báo kết quả kiểm dịch của cơ quan kiểm dịch đạt yêu cầu theo quy định của pháp luật về kiểm dịch hoặc chứng từ kiểm dịch do cơ quan kiểm dịch nước ngoài phát hành và được pháp luật về kiểm dịch công nhận đối với trường hợp hàng quá cảnh phải kiểm dịch: 01 bản chính. Trường hợp pháp luật chuyên ngành không quy định cụ thể bản chính hay bản chụp thì người khai hải quan được nộp bản chụp.
Đối với chứng từ quy định tại điểm a.3, điểm a.4 khoản này, nếu áp dụng cơ chế một cửa quốc gia, cơ quan quản lý nhà nước chuyên ngành, cơ quan kiểm dịch gửi giấy phép, văn bản thông báo kết quả kiểm dịch, miễn kiểm dịch dưới dạng điện tử thông qua Cổng thông tin một cửa quốc gia, người khai hải quan không phải nộp khi làm thủ tục hải quan.
b) Trách nhiệm của người khai hải quan:
b.1) Thực hiện khai báo trên Bản kê hàng hóa quá cảnh và nộp kèm chứng từ quy định tại điểm a khoản 2 Điều này thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan;
b.2) Xuất trình hàng hóa cho cơ quan hải quan để kiểm tra thực tế trong trường hợp lô hàng có dấu hiệu vi phạm pháp luật;
b.3) Khai bổ sung các thông tin trên Bản kê hàng hóa quá cảnh (nếu có);
b.4) Tiếp nhận bản kê hàng hóa quá cảnh đã được cơ quan hải quan phê duyệt.
c) Trách nhiệm của cơ quan hải quan:
c.1) Kiểm tra thông tin trên Bản kê hàng hóa quá cảnh, chứng từ thuộc bộ hồ sơ hải quan và hướng dẫn người khai hải quan khai bổ sung các thông tin khác trên Bản kê hàng hóa quá cảnh (nếu có);
c.2) Trường hợp phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật thì công chức hải quan thực hiện kiểm tra thực tế hàng hóa theo quy định tại Điều 29 Thông tư này và xử lý vi phạm theo quy định của pháp luật (nếu có). Kết quả kiểm tra thực tế được ghi trên Phiếu ghi kết quả kiểm tra theo mẫu 06/PGKQKT/GSQL Phụ lục V Thông tư này và cập nhật vào Hệ thống;
c.3) Công chức hải quan thực hiện phê duyệt Bản kê hàng hóa quá cảnh trong vòng 02 giờ làm việc kể từ khi nhận được bộ hồ sơ hợp lệ do người khai hải quan nộp, xuất trình;
c.4) Khi hàng hóa quá cảnh được vận chuyển vào, ra khu vực cảng, cơ quan hải quan thực hiện việc xác nhận về số lượng hàng hóa thực tế vận chuyển vào, ra trên Bản kê hàng hóa quá cảnh trên cơ sở kiểm tra, đối chiếu thông tin container khai báo trên Bản kê với thông tin container vào, ra khu vực cảng về số hiệu container, số niêm phong hãng vận chuyển (nếu có).
Trường hợp kết quả kiểm tra, đối chiếu phù hợp, không có thông tin lô hàng có dấu hiệu vi phạm pháp luật thì cơ quan hải quan xác nhận trên Hệ thống. Trường hợp kết quả kiểm tra, đối chiếu không phù hợp thì xác minh, làm rõ và xử lý vi phạm theo quy định.
d) Trường hợp Hệ thống gặp sự cố không thực hiện được việc khai vận chuyển hàng hóa qua Hệ thống thì người khai hải quan và cơ quan hải quan thực hiện theo quy định tại điểm b khoản 10 Điều 50 Thông tư này.
3. Thủ tục hải quan đối với hàng hóa quá cảnh chia tách, đóng chung container, toa xe chở hàng với hàng xuất khẩu đã hoàn thành thủ tục hải quan, hàng hóa dự kiến nhập khẩu, hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu gửi qua dịch vụ bưu chính, dịch vụ chuyển phát nhanh
a) Hàng hóa quá cảnh chia tách, đóng chung container, toa xe chở hàng với hàng xuất khẩu đã làm xong thủ tục hải quan, hàng hóa dự kiến nhập khẩu, đóng chung với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu gửi qua dịch vụ bưu chính, dịch vụ chuyển phát nhanh phải đáp ứng quy định tại Điều 43 Nghị định số 08/2015/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung tại điểm 10 khoản 19 Điều 1 Nghị định số 59/2018/NĐ-CP và chỉ được chia tách, đóng chung tại các địa điểm quy định tại Điều 43 Nghị định số 08/2015/NĐ-CP đã được sửa đổi, bổ sung tại điểm 9 khoản 19 Điều 1 Nghị định số 59/2018/NĐ-CP.
Trường hợp hàng hóa nhập khẩu gửi qua dịch vụ bưu chính, dịch vụ chuyển phát nhanh thuộc danh mục hàng hóa nhập khẩu phải làm thủ tục hải quan tại cửa khẩu nhập theo quyết định của Thủ tướng Chính phủ được đóng chung với hàng quá cảnh thì thực hiện chia tách tại địa điểm tập kết, kiểm tra, giám sát tập trung đối với hàng bưu chính, địa điểm tập kết, kiểm tra, giám sát tập trung đối với hàng chuyển phát nhanh;
b) Trách nhiệm của người khai hải quan:
Ngoài trách nhiệm quy định tại Điều 43 Nghị định số 08/2015/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung tại điểm 3 khoản 19 Điều 1 Nghị định số 59/2018/NĐ-CP, người khai hải quan có trách nhiệm:
Thực hiện khai trên từng Tờ khai vận chuyển độc lập theo từng loại hình và chặng vận chuyển tương ứng theo quy định tại khoản 1 Điều này và ghi số Tờ khai vận chuyển độc lập của hàng hóa đã đóng chung tại tiêu chí “Ghi chú 2” trên từng tờ khai riêng biệt đối với hàng hóa nhập khẩu, hàng hóa xuất khẩu và hàng hóa quá cảnh;
c) Trách nhiệm của Chi cục Hải quan cửa khẩu nhập:
c.1) Kiểm tra điều kiện chia tách, địa điểm chia tách hàng hóa quá cảnh với hàng nhập khẩu quy định tại khoản 19 Điều 1 Nghị định số 59/2018/NĐ-CP và điểm a khoản này để thực hiện thủ tục theo từng loại hình và chặng vận chuyển tương ứng;
c.2) Thực hiện các công việc quy định tại điểm d khoản 1 Điều này;
d) Trách nhiệm của Chi cục Hải quan nơi quản lý địa điểm chia tách, đóng chung hàng hóa:
Ngoài trách nhiệm quy định tại Điều 43 Nghị định số 08/2015/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung tại khoản 19 Điều 1 Nghị đinh số 59/2018/NĐ-CP, Chi cục Hải quan nơi hàng hóa nơi quản lý địa điểm chia tách, đóng chung hàng hóa thực hiện:
d.1) Trách nhiệm của Chi cục Hải quan nơi đến quy định tại điểm đ khoản 1 Điều này khi hàng hóa được vận chuyển đến địa điểm chia tách, đóng chung hàng hóa;
d.2) Trách nhiệm của Chi cục Hải quan nơi đi quy định tại điểm d khoản 1 Điều này sau khi hàng hóa quá cảnh đã hoàn thành việc đóng ghép với hàng xuất khẩu tại địa điểm thực hiện đóng chung hàng hóa.
đ) Trách nhiệm của Chi cục Hải quan cửa khẩu xuất:
đ.1) Thực hiện các công việc theo quy định tại điểm đ khoản 1 Điều này;
đ.2) Kiểm tra tờ khai vận chuyển độc lập được ghi tại tiêu chí “Ghi chú 2” trên tờ khai vận chuyển độc lập để xác nhận 02 tờ khai vận chuyển độc lập trên Hệ thống khai báo hải quan. ”. 
Đề nghị Công ty nghiên cứu các quy định dẫn trên để thực hiện. Trường hợp còn vướng mắc thì liên hệ Chi cục Hải quan cửa khẩu nơi tạm nhập hàng quá cảnh để được hướng dẫn và giải quyết thủ tục quá cảnh hàng hóa cụ thể.
Bộ phận tư vấn của Ban biên tập thông báo để Công ty biết./.
Trân trọng!